«Дочка» Alphabet представила ИИ-движок для дизайна лекарств — вдвое точнее AlphaFold 3

Isomorphic Labs, дочерняя компания Alphabet и сестринская структура Google DeepMind, представила IsoDDE (Isomorphic Labs Drug Design Engine) — единый вычислительный движок для проектирования лекарственных молекул. На самом сложном бенчмарке структурного предсказания Runs N' Poses новая система показала точность 50% против 23,3% у AlphaFold 3 — то есть более чем двукратное превосходство над моделью, которая сама по себе была прорывом 2024 года.

IsoDDE — это не следующая версия AlphaFold, а принципиально другой по масштабу инструмент. AlphaFold 3 предсказывала трехмерные структуры белков и их взаимодействия с молекулами. IsoDDE умеет делать это точнее, но вдобавок решает еще две задачи, критически важные для реальной разработки лекарств. Во-первых, движок прогнозирует силу связывания молекулы с белком-мишенью — ключевой параметр для оценки эффективности будущего препарата. Во-вторых, система умеет находить скрытые "карманы" белков — участки, к которым потенциально может присоединиться лекарство, даже если раньше о них не было известно.

Показательный пример — белок церебролон. Пятнадцать лет считалось, что у него есть только один сайт связывания — классический талидомидный карман. Недавнее экспериментальное исследование обнаружило второй, скрытый сайт. IsoDDE смог воспроизвести это открытие вычислительно, используя на входе только аминокислотную последовательность — без указания, какие именно молекулы должны связаться с белком. На это у движка ушли секунды, тогда как экспериментальные методы вроде фрагментного скрининга требуют значительных затрат времени и ресурсов.

Помимо малых молекул, IsoDDE работает со сложными биологическими структурами. На тестах по предсказанию взаимодействий антитело-антиген движок обошёл AlphaFold 3